ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลาง จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศและวิธีพิจารณาคดีทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ พ.ศ. 2539 โดยมีเหตุผลให้การจัดตั้งเพื่อให้คดีทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ ซึ่งเป็นคดีที่มีลักษณะพิเศษแตกต่างจากคดีอาญาและคดีแพ่ง โดยทั่วไปได้รับพิจารณาพิพากษา โดยผู้พิพากษาซึ่งมีความรู้ความเข้าใจ ในเรื่องเกี่ยวกับทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ และมีบุคคลภายนอกซึ่งมีความรู้ความเข้าใจในเรื่องดังกล่าวเข้ามาร่วมพิจารณาและพิพากษาคดีด้วย ทั้งนี้เพื่อให้การพิจารณาคดีเป็นไปโดยรวดเร็วและมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลาง เปิดทำการเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2540